Après trois ans passé caché sur Terre, la cité d’Atlantis continue à faire découvrir de nouvelles technologies et de nouvelles informations aux équipes présentent sur la cité. Tout se passait bien jusqu’au jour où une transmission longue portée arrivait au relais de communication de la majestueuse cité Lantienne. Ce message était envoyé grâce à une base ancienne sur une planète de la galaxie de Pégase que les terriens avait découvert quelques années plus tôt. Personne ne savait qui avait envoyé ce message mais il était clair « AIDEZ NOUS ! ». Depuis que la cité était revenue sur Terre, personne ne s’était inquiété de savoir ce qui se passait dans l’ancienne galaxie des Lantiens. Sur ce message aussi intrigant qu’inquiétant, le nouveau vaisseau spatiale terrien, Horizon, fut envoyé dans la galaxie de Pégase pour faire des recherches sur ce signal. Il revint quelques semaines plus tard, gravement endommagés. Profitant de l’absence des terriens dans la galaxie, les Wraiths ont repris la quasi-totalité du contrôle de la galaxie. Après de longue discussion diplomatique, il fut décidé de renvoyer la cité d’Atlantis dans sa galaxie d’origine. Les moyens débloqués pour la mission fut gigantesque et la cité retourna sur une planète déserte inconnu du système Wraith. La mission principale de cette nouvelle expédition sous le commandement du membre de la CIS Mickael Skylar est de protéger les vies innocentes de cette galaxie mais également de continuer à explorer et rechercher de nouveaux mondes et de nouvelles technologies. Auras-tu le grand de rejoindre cette nouvelle aventure ? Oui, alors qu’attends-tu ?